对于以往装载水冷却式冷藏集装箱的货舱通风，需要考虑的是在少量冷藏集装箱水冷却失灵的情况下，采用通风冷却，所以还需要通风换气。但因仅仅思考少数冷藏集装箱向货舱排放热量，因此临沂风机通风量较小。

关于装载风冷式冷藏集装箱的货舱，需要的通风量大，不能简略地经过换气次数来断定。通风的意图在于将冷藏集装箱制冷设备向货舱内排放的热量排出货舱，下降货舱温度，使冷藏集装箱制冷设备正常作业，保持箱内货品温度。明显舱内通风量与装运的冷藏集装箱的数量有关，但是不同的集装箱船货舱内装载的冷藏集装箱数量是依据船东要求断定的。

进排风口的规划及安置是一大难题。为坚持运送货品质量，航行时应确保不使舱内温度过高而影响制冷设备正常作业。然而船舶规划的约束要素真实太多。通风口的高度不能超过舱口盖高度，有时甚至要求不高于舱口围板高度；舱口围板高度低，又要满意载重线标准要求，通风口开口下缘至干舷甲板间隔最少900mm，还要思考风雨密盖的开关方位。因而，进排风口的规划和安置通常只能选用折衷方案。